La aprobación del presupuesto de los poderes judiciales puede vulnerar el principio de división de poderes y fomentar la subordinación de aquéllos a éstos. Es importante recordar que solamente en tres estados la legislación establece que el Poder Ejecutivo puede modificar el proyecto de presupuesto que le presenta el Judicial, antes de turnarlo al Legislativo. En las 29 entidades restantes, la legislación local no prevé esta posibilidad. En seis de ellas determina incluso que el presupuesto del Poder Judicial será turnado directamente al Poder Legislativo, sin pasar por el Ejecutivo, y en otras cuatro prohíbe explícitamente que el Ejecutivo lo altere.